Η άλλη ενοριακή εκκλησία της Σκιάθου τιμάται στη μνήμη
των Τριών Ιεραρχών και είναι ο μητροπολιτικός ναός της
νεότερης Σκιάθου για περισσότερο από 150 χρόνια. Βρίσκεται
σχεδόν στο κέντρο της πόλης και πιο κοντά στη θάλασσα
απ’ ότι η εκκλησία της Παναγίας. Στην ίδια θέση υπήρχε
μικρό εκκλησάκι επίσης προς τιμήν των Τριών Ιεραρχών
αλλά κατεδαφίστηκε για να αντικατασταθεί από το σημερινό
μεγαλοπρεπέστερο οικοδόμημα που κατασκευάστηκε για να
καλύψει τις αυξημένες ανάγκες του πληθυσμού που εκείνη
την εποχή ξεπερνούσε τις 2000. Το μαρμάρινο εικονοστάσι
της αποτελεί σπάνιο και άριστο δείγμα του gothic revival
στην Ελλάδα.
Η μορφή του, αν και ασυμβίβαστη προς τα ξυλόγλυπτα που παραδοσιακά επικρατούν στις ορθόδοξες εκκλησίες, δεν μοιάζει ξένο σώμα αλλά συμμετέχει οργανικά στο διάκοσμο της εκκλησίας επιβάλλοντας τρόπον τινά την παρουσία του. Εξωτερικά, η μορφή της εκκλησίας είναι πιο ανάλαφρη απ’ αυτή της Παναγίας λόγω της διάσπασης της στέγης σε δύο επίπεδα. Έτσι, ενώ το ύψος της εκκλησίας των Τριών Ιεραρχών είναι μόλις ένα μέτρο μεγαλύτερο απ’ την εκκλησία της Παναγίας, φαίνεται πολύ ψηλότερη. Στη νότια πλευρά προβάλλει το δυσανάλογα επιβλητικό κωδωνοστάσιο που παρά την ελαφριά του κατασκευή, δεσπόζει με τον όγκο του. Κατά την εποχή κατά την οποία οικοδομήθηκε φαίνεται ότι έχει ωριμάσει η ιδέα κατασκευής ενός μεγαλοπρεπούς μητροπολιτικού ναού αντάξιου του ονόματος της Σκιάθου. Ήδη υπάρχει η εκκλησία της Παναγίας στην επάνω γειτονιά, χρειάζεται, όμως, και η κάτω γειτονιά μεγάλη εκκλησία, η οποία προορίζεται για μητροπολιτικός ναός. Έτσι η κατασκευή και η μελέτη είναι πιο προσεγμένη. Δεν είναι γνωστά τα ονόματα όσων εργάστηκαν παρά μόνο της επιτροπής που επέβλεπε τις εργασίες. Από μια επιγραφή, πληροφορούμαστε ότι χτίστηκε εκ βάθρων τον Οκτώβρη του 1846 με δαπάνη όλων των δημοτών.
Στο Ναό των Τριών Ιεραρχών φυλάσσεται και η εικόνα της Παναγίας της Κουνίστρας, που βρέθηκε το 1650. Είναι η προστάτιδα του νησιού και αποτελεί ιερό προσκύνημα τόσο για τους ντόπιους όσο και τους επισκέπτες του νησιού. Πολλά από τα ιερά κειμήλια όλης της χώρας, καθώς και πολλές εικόνες μεγάλης αρχαιολογικής αξίας έχουν μεταφερθεί σε αυτή την εκκλησία. Όλα αυτά τα κειμήλια φυλάσσονται και διατηρούνται σε άριστη κατάσταση.
Ο ναός διατηρεί την πνευματική καλλιέργεια του νησιού, αφού είχε την ευλογία να τον υπηρετούν υπομονετικοί και εξαίρετοι ιερείς και πνευματικοί αρχηγοί όπως ο ιερέας Αδαμάντιος, πατέρας του Παπαδιαμάντη, ο ιερέας Νικόλας Παπανικολάου, ο ιερέας Ανδρέας Μπούρας και άλλοι που καθοδηγούνταν πάντοτε από τον Γεώργιο Ρήγα, τον μεγάλο αυτό φιλόλογο και συγγραφέα του νησιού.