Η Γέννηση της Θεοτόκου ή Παναγία Λιμνιά κατασκευάστηκε
μετά την επανάσταση του 1821. Αυτή και οι Τρεις Ιεράρχες
είναι τα μοναδικά αξιόλογα εκκλησιαστικά μνημεία που
κατασκευάστηκαν αμέσως μετά την εγκατάσταση των
κατοίκων στη σημερινή πόλη, το 1829, σε χώρους που
προϋπήρχαν εκκλησίες. Λέγεται Λιμνιά καθότι οι πρώτοι
κάτοικοι της περιοχής όπου βρίσκεται (πάνω γειτονιά
της Σκιάθου) και κτήτορες της εκκλησίας ήταν από τη
Λίμνη Ευβοίας. Το 1784 κάτοικοι από τη Λίμνη Ευβοίας
εγκαταστάθηκαν στην περιοχή μεταφέροντας την πολιούχο
εικόνα τους, το Γενέθλιον της Θεοτόκου, την οποία
τοποθέτησαν στη μικρή εκκλησία του Αγίου Χαράλαμπου.
Αργότερα η εκκλησία αυτή ανακαινίσθηκε εκ βάθρων και
έγινε η ενοριακή εκκλησία της Παναγίας Λιμνιάς.
Περιφερειακά του υψώματος της εκκλησίας μέχρι και την ακτή του Αϊ Γιαννάκη εκτεινόταν το τείχος της αρχαίας πόλης της Σκιάθου. Έχει όλα τα στοιχεία του διακόσμου που διακρίνουν τις εκκλησίες της εποχής της. Πολλά απ’ αυτά δεν ανήκουν στα παραδοσιακά - αυτά που κοσμούν τις εκκλησίες που κατασκευάστηκαν πριν ή κατά την τουρκοκρατία και έχουν σαφείς επιρροές από τον κλασικισμό. Υπάρχουν λιγοστές τοιχογραφίες επηρεασμένες από δυτικά πρότυπα, όπως αυτές με τις οποίες οι άρχοντες προσπαθούσαν να κοσμήσουν τα σπίτια τους εκείνη την εποχή ενώ ελλείπουν οι μορφές βυζαντινών αγίων. Την εποχή κατά την οποία χτίστηκε η Σκιάθος είναι ήδη ελεύθερη και ανασυγκροτείται: τα οικονομικά βελτιώνονται και η νέα πόλη χτίζεται. Μέσα σ’ αυτό το πλαίσιο η κατασκευή μιας μεγάλης εκκλησίας πλούσιας και επιβλητικής είναι επιτακτική. Έτσι, για την κατασκευή της χρησιμοποιούνται επιλεγμένα υλικά στο μέτρο του δυνατού από μαστόρους που έχουν φέρει καινούργια σχέδια. Από μια επιγραφή διαπιστώνουμε ότι η εκκλησία χτίστηκε από τον αρχιτέκτονα Θεόδωρο Μόσχο από την Μακεδονία και ότι χρηματοδότες εκτός από πλοίαρχοι ήταν και ανώνυμοι δημότες της Σκιάθου. Συμπεραίνουμε λοιπόν ότι για την κατασκευή της εκκλησίας υπάρχει υπεύθυνος τεχνικός, ο οποίος έδωσε τα σχέδια και τη μελέτη του κτίσματος έχοντας εντόπιους επιστάτες και ότι το κτίσιμο ήταν υπόθεση των δημοτών και όχι ενός ή κάποιων μεμονωμένων ατόμων ή ακόμη και της εκκλησίας. Από μία άλλη επιγραφή, φαίνεται ότι η ανέγερση έγινε τον Δεκέμβρη του 1838.
Η ενορία της Παναγίας συνεχίζει να διατηρεί τα έθιμα και τις παραδόσεις του νησιού, τόσο ζωντανά, όπως ακριβώς παρουσιάζονται στα έργα του Αλέξανδρου Παπαδιαμάντη και του Αλέξανδρου Μωραϊτίδη.